En la Altoandina y Puna se encuentran lagunas donde es posible encontrar a más de 41 especies de aves acuáticas relacionadas de manera directa o indirecta con los ecosistemas acuáticos, entre ellas sobresalen la soca cornuda (Fulica cornuta), la soca gigante (Fulica gigantea), el flamenco chileno (Phoenicopterus chilensis), el flamenco andino (Phoenicoparrus andinus) y el flamenco de james (Pheonicoparrus jamesi).

Flamenco andino, flamenco chileno, y flamenco de james

En estas regiones también habitan especies de singular importancia, como el Condor (Vultur gryphus), las Taruka (Hippocamelus antisensis), el Zorro Andino (Pseudalopex culpaeus), el Puma (Felis concolor) y la Vicuña (Vicugna vicugna).

Venado andino, llamas, zorro andino, vizcacha

En la Prepuna y Valles Mesotérmicos se encuentran varias aves de importancia internacional como el Mirlo de agua (Cinclus schulzi), el Pepitero Colorado (Saltator rufiventris) y la Monterita de Tucumán (Poospiza baeri) y la Monterita boliviana (Poospiza boliviana), especies que se encuentran restringidas sólo a algunas regiones de Sud América.

Reptiles y anfibios